Center za medicinsko mikrobiologijo NLZOH sestavlja devet oddelkov s sedeži v Murski Soboti, Mariboru, Celju, Ljubljani, Kranju, Novem mestu, Kopru in Novi Gorici. Izvajamo mikrobiološko diagnostično dejavnost, preiskave in aktivnosti s področja javno zdravstvene mikrobiologije in raziskovalno dejavnost. V centru nas je zaposlenih 220 sodelavcev, ki letno z več kot 300 različnimi metodami opravimo preko 650.000 preiskav za bolnišnice, zdravstvene domove, zasebne izvajalce zdravstvene dejavnosti in druge ustanove, ki potrebujejo mikrobiološke storitve. Na področju javno zdravstvene mikrobiologije skrbimo za laboratorijsko podporo mrežnemu spremljanju nalezljivih bolezni tako znotraj države, kot v mednarodnih okvirjih. Delo opravljajo visoko usposobljeni sodelavci: specialisti mikrobiologi, univerzitetni diplomirani mikrobiologi, inženirji laboratorijske medicine, laboratorijski tehniki in drugi sodelavci. Pokrivamo področje bakteriologije, mikologije, parazitologije, virologije, serologije in molekularne mikrobiologije. S sprotnim uvajanjem novih, tehnološko vse zahtevnejših metod sledimo cilju hitrega poročanja zaupanja vrednih rezultatov mikrobioloških preiskav vsem našim partnerjem. Vsi oddelki so verificirani s strani Ministrstva za zdravje in imajo dovoljenje za delo za področje mikrobiologije. Tako vsi oddelki sodelujejo v sistemu zunanjega preverjanja kakovosti rezultatov že več kot 25 let in tudi sicer skrbimo za področje kakovosti s širjenjem imetnikov cerifikata ISO 9001 in postopnim vključevanjem v vse aktivnosti, ki so podlaga za pridobitev akreditacije.

Oddelki z laboratoriji in enotami:

Oddelek za medicinsko mikrobiologijo Maribor

Laboratorij za hemokulture in diagnostiko bakterijskih okužb likvorjev in površinskih ran
Laboratorij za diagnostiko bakterijskih okužb punktatov, tkiv in globokih ran
Laboratorij za diagnostiko bakterijskih okužb respiratornega trakta
Laboratorij za diagnostiko glivnih okužb in okužb genitalnega trakta
Laboratorij za diagnostiko okužb sečil
Laboratorij za diagnostiko patogenih črevesnih bakterij, virusov in parazitov
Laboratorij za diagnostiko mikobakterij
Laboratorij za serološko diagnostiko
Laboratorij za diagnostiko bolnišnicnih okužb in nadzor sterilnosti
Laboratorij za nadzor MRSA
Laboratorij za klinično molekularno diagnostiko
Laboratorij za pripravo gojišč in sterilizacijo
Skupne službe

Oddelek za medicinsko mikrobiologijo Celje

Laboratorij za splošno bakteriologijo
Laboratorij za diagnostiko črevesnih okuzb
Laboratorij za diagnostiko okužb sečil
Laboratorij za hemokulture
Laboratorij za serologijo
Laboratorij za nadzorne vzorce
Laboratorij za diagnostiko okužb dihal
Laboratorij za hitre preiskave in nacepitev vzorcev
Laboratorij za molekularne metode
Laboratorij za glive
Laboratorij za pripravo gojišč in reagentov
Enota za sterilizacijo in dekontaminacijo
Sprejem vzorcev za medicinsko mikrobiologijo
Administracija

Oddelek za medicinsko mikrobiologijo Koper

Laboratorij za klinično mikrobiologijo
Laboratorij za hospitalno higieno
Laboratorij za koprokulture in parazite
Laboratorij za imunologijo
Laboratorij za molekularno diagnostiko
Sprejemna pisarna Laboratorija za medicinsko mikrobiologijo
Enota za pripravo gojišč in sterilizacijo

Oddelek za medicinsko mikrobiologijo Kranj

Laboratorij za splošno bakteriologijo in glive
Laboratorij za okužbe sečil
Laboratorij za nadzorne kužnine
Laboratorij črevesna
Laboratorij serologija
Laboratorij za molekularno diagnostiko
Enota gojišča
Enota sterilizacija s pomivalnico
Administracija

Oddelek za javnozdravstveno mikrobiologijo Ljubljana

Laboratorij za klinično mikrobiologijo
Laboratorij za javnozdravstveno virologijo
Laboratorij za javnozdravstveno bakteriologijo
Enota za pripravo gojišč in laboratorijskega materiala

Oddelek za medicinsko mikrobiologijo Murska Sobota

Laboratorij za medicinsko mikrobiologijo
Enota za oskrbo

Oddelek za medicinsko mikrobiologijo Nova Gorica

Laboratorij za splošno mikrobiologijo
Laboratorij za črevesno mikrobiologijo
Laboratorij za serologijo
Enota za pripravo gojišč, sterilizacijo in dekontaminacijo
Sprejem materiala in zdravstvena administracija

Oddelek za medicinsko mikrobiologijo Novo mesto

Laboratorij za splošno bakteriologijo
Laboratorij za diagnostiko črevesnih okuzb
Laboratorij za serologijo
Laboratorij za molekularne metode
Enota za dekontaminacijo in pomivalnica
Enota za pripravo gojišč in reagentov in sterilizacijo
Administracija

Oddelek za mikrobiološke raziskave

Laboratorij za tipizacijo mikroorganizmov
Laboratorij za eksperimentalno mikrobiologijo